CI: Vizualizace molekul - nástroje a zdroje

CHEMINFOTitle Bar

Vizualizace molekul - nástroje a zdroje

Poslední změna: 21.1.1998

I. HTML: HYPERTEXT MARKUP LANGUAGE

A. Obecné informace o HTML

Formátování provádí prohlížeč (browser), takže dokument může mít v různých prohlížečích různý vzhled

Netscape Navigator and Communicator
Microsoft Internet Explorer
Arachne (grafický prohlížeč pro DOS)
Lynx (pouze text)

Ostatní media (obrázky, zvuky, animace) mohou být importovány
Mohou být vytvořeny linky (spojení) do jiných dokumentů, do jiných částí téhož dokumentu nebo do jiných bodů na Internetu pomocí URL (Uniform Resource Locator): adresy položky, kterou chcete získat

Absolutní odkaz -- obsahuje kompletní adresu: jméno hostitelského počítače, adresář a jméno souboru
Relativní odkaz -- předpokládá, že se použije předchozí hostitel a adresář: specifikuje se pouze jméno souboru (případně podadresář a jméno souboru)
URLs existují pro WWW soubory, FTP, Gopher, UseNet, Telnet, atd.
Obecný formát UR: kodprotokolu://adresa_hostitele/adresar/jmenosouboru
Příklady:

http://www.indiana.edu/~cheminfo/400home.html
mailto:jindrich@mail.natur.cuni.cz
news:sci.chem

B. Pomocné programy (Helpers) a Plug-iny

Rozšiřují možnosti prohlížeče
Obecné/specializované pomocné programy

II. Formáty souborů na Internetu

Některé obecné formáty souborů
Formát	Popis	Pomocný prog./Plugin
.gif	CompuServe Graphics Interchange Format	prohlížeč
.jpg	JPEG (Joint Photographic Experts Group) graphický formát	prohlížeč
.pdf	Portable Document Format (Adobe)	Acrobat Reader
.tif	TIFF grafický formát (Group IV fax)
.mid	MIDI formát souboru s hudbou
.mpg	MPEG formát souboru s filmem
.qt	QuickTime formát souboru s filmem
.wav	WAVE formát souboru se zvukem
	a mnoho jiných

III. Formáty molekul a MIME

A. Chemický MIME (Multipurpose Internet Mail Extensions) - protokol ke připojení speciálních souborů k e-mailovým zprávám nebo k jejich vložení do HTML dokumentů.

Chemické MIME formáty (chemical/x- )
Přípona	MIME podtyp	Použití
Pomocné programy/Pluginy
kin	x-kinemage	Kinemage soubor pro macromolekuly	MAGE
pdb	x-pdb	Protein Data Bank formát	Rasmol, Chime
jdx	x-jcamp-dx	Formáty spekter: infrared, NMR, Mass	JCAMP-DX
mol	x-mdl-molfile	Molekulový formát souboru MDL	Chime
chm	x-chemdraw	CambridgeSoft ChemDraw formát	CHEMDRAW
a	jiné

B. Jiné formáty

.cif Krystalografická data
netCDF pro chromatografii, infračervenou and hmotnostní spectrometrii
andi/MS ANalytical Data Interchange - pro hmotnostní spektrometrii

C. Poštovní (e-mail) programy které umí MIME

elm
Eudora
MediaMail
pine
Nestacape Mail
jiné

D. Internetové zdroje pro další informace

CHEMINFO's Molecular Visualization Tools and Sites Page
Viewing Molecular structures From the Internet - An Introductory How-to Guide by Jason E. Borton and James E. Finholt (Carleton College)

Návrat do domácí stránku CI