CHEMINFOTitle Bar

Nástroje k psaní vědeckých pojednání

CI: obsah přednášky
Posl. změna: 1.3. 1999 

V následujícím textu, symboly níže uvedené indikují, zda je daná položka dostupná na naší katedře, nebo máme účet, který nám umožňuje přístup ke zdroji za poplatek:
 
Symboly ukazující dostupnost položky
Symbol Význam Příklad
++ máme kompletní položku - 
+- máme položku ale nekompletní předplatné časopisu mohlo být zrušeno
+$ máme přístup k položce, ale přístup stojí peníze spojte se s knihovnicí

I. Úvod

Věda se rozvinula v posledních několika stoletích tak rychle hlavně díky prudkému vývoji v komunikaci a publikačních technologiích, počínaje zavedením knihtisku. Většina archivovaných vědeckých záznamů je stále ve formátu tištěného slova a komunikace založená na papíře stále zůstane velmi důležitou částí vědy. Vědecké záznamy existují díky tomu, že vědci píší a publikují výsledky svých experimentů.

Jako na vědcích na vás byde požadováno psát mnoho různých pojednání, počínaje laboratorním deníkem a konče grantovými návrhy, technickými zprávami a články do časopisů. Existují knihy, které se snaží učit jak psát lépe. Existují dokonce i kurzy na Internetu, které můžete využít (viz  SIRCh pro některé z nich).

V této sekci se seznámíme s jinými nástroji, které mohou pomoci výrazně ulehčit proces vědeckého bádání a psaní vědeckých dokumentů.

Obrázky mohou být snadno vkládány do moderních textových procesorů jako je Mircosoft Word nebo WordPerfect. Tyto programy obsahují nástoje ke kontrole pravopisu, bohužel vědecký slovník je značně omezen. Dodatečné soubory, které doplňují takové slovníky, se jmenují  SciWord a jsou dostupné u firmy Inso.

Programy pro tvorbu grafů a analýzu dat dnes výrazně ulehčují zobrazování dat. Jeden takový program je KaleidaGraph  od firmy Synergy Software. Jsou dostupné také nástroje k psaní vědeckých prací, které umí matematické výrazy, jako např. TCI Software Research's Scientific Notebook. Tento typ programů pro technickou grafiku a analýzu dat je navrhován tak, aby poskytoval kombinaci nejužitečnějších rysů běžně obsažených v tabulkových procesorech a v programech pro statistickou analýzu a zobrazování.

Existuje velké množstí produktů, které mohou být považovány za nástroje pomáhající při psaní, mnohé mohou být nalezeny v produktech firmy  ChemSW (dříve, WindowChem Software). V této lekci se zmíníme jen o několika nejznámějších nástrojích, které vám mohou pomoci při psaní vědeckých dokumentů.

II. Chemické kreslení a názvoslovné programy

V ideálním případě by programy pro chemické kreslení měly snadno spolupracovat s textovými procesory a měly by rovněž pomoci s komplexním formálním chemickým názvoslovím. Existuje dokonce program, Kekulé, který akceptuje jakoukoli strukturu, která může být naskenována do počítače (dokonce rukou nakreslené struktury) a má kompletní editační a kreslicí možnosti.

Jeden z nejpopulárnějších programů pro kreslení chemických struktur je program od firmy CambridgeSoft ChemDraw ++.

ChemDraw Net's Opening Screen
Úvodní obrazovka ChemDraw je typická pro všechny takové programy, s možností vybrat z předkreslených objektů. Verze ChemDraw, která slouží jako WWW klient pro struktury, je v současnosti dostupná volně pro uživatele z oblasti školství. Jiní výrobci programů pro chemické kreslení rovněž nabízejí zdarma pro školství plnou verzi jejich programu, včetně firmy  MDL s jejich ISIS/Draw ++. Významnou softwarovou firmou věnující se chemickým aplikacím se v posledních letech stala firma ACD Labs, která rovněž nabízí zdarma mimo jiných programů i program pro kreslení chemických vzorců - ChemSketch.
Dalším často používaným programem pro kreslení vzorců, který je již řadu let na trhu, je ChemWindow of firmy SoftShell.

Bylo vyvinuto několik programů, které z nakreslené chemické struktury vytvoří systematický název podle pravidel IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry). Takový program, jako např. AUTONOM, nebo ACD Name++ pojmenuje asi s 90ti procentní přesností organickou sloučeninu, která je programem nakreslena. Jiné programy tohoto typu můžete nalézt na stránce SIRCh.

III. Programy pro tvorbu osobních databází

Několik programů pro chemické kreslení diskutovaných výše je součástí balíků programů, které obsahují metody k udržování bibliografických údajů a dokonce fyzikálních a chemických data v jedné databázi. Např. ISIS/Draw a ISIS/Base se navzájem doplňují. Podebně CambridgeSoft má ChemOffice ++ balík pro kresení, modelování a  uchovávání informací, který obsahuje ChemFinder. Jiní výrobci vyvinuli produkty, které spolupracují s existujícími relačními databázemi a tabulkovými procesory, jako je Accord pro MS Excel++ nebo Access od firmy Synopsys . Upjohn Cousin addin pro Access je rovněž dostupný. (Viz doplňující materiál Journal of Chemical Information and Computer Sciences 1995, 35, 879-884.).

Jiné obecnější osobní bibliografické programy, jako je ProCite, Reference Manager++, a EndNote Plus, ačkoli jim chybí chemické schopnosti, mají jiné důležité rysy, pro které jsou velmi užitečné. Např. můžete stáhnout vybrané záznamy z velké bibliografické databáze jako Science Citation Index nebo Current Contents +- a  importovat záznamy přímo do osobní databáze bez jakéhokoli dalšího ručního zásahu. Po vložení dat, mohou být tyto použity při psaní vědeckých pojednání. Tyto programy mají obvykle předdefinovánu řadu stylů, které vam umožní záznamy v databázi exportovat ve stylu (tj. způsob psaní citace - jak psát jména autorů, stránky, ročník, ...), který požadují různí vydavatelé časopisů. Můžete si označit místo ve vámi psaném dokumentu (např. v MS Wordu) a připojit k němu bibliografický odkaz (číslem záznamu ve vaší databázi). Bibliografii lze pak automaticky vygenerovat programem přímo ve formátu vašeho textového procesoru (např. MS-Wordu) a ve stylu požadovaném vydavatelem. Nejnovější schopností techto programů je schopnost uschovat data z Webu do personální databáze a naopak zobrazovat data z této databáze pomocí Webového prohlížeče.

IV. CASSI, Chemical Abstracts Service Source Index

Aby se ušetřilo místo při tisku, začaly se v bibilografických odkazech používat zkratky časopisů. Na počátku 19. století, kdy bylo jen několik málo časopisů bylo snadné vědět, která zkratka patří kterému. Dnes, kdy existují desítky tisíc časopisů, je to daleko obtížnější. Seznam zkratek časopisů, pomocí kterého lze určit jaká zkratka patří kterému časopisu, je obsažen v CASSI, Chemical Abstracts Service Source Index ++.
 

V. Závěr

Nyní již existuje řada programů, které výrazně usnadňují psaní vědeckých pojednání. Některé z těchto produktů jsou dosti drahé, na studentské poměry, ale řada jich je zadarmo nebo za nízké ceny pro uživatele ze školství. Některé z nich jsou nainstalovány na počítačích přístupných pro studenty a pracovníky naší katedry.
 

I. Bibliografie

Hagadone, T.R.; Schulz, M.W. "Capturing Chemical Structure Information in a Relational Database System: The Chemical Software Component Approach." J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1995, 35, 879-884.